Kādas sintēzes metodoloģijas Biorunstar izmanto peptīdu sintēzei?
RE: Biorunstar ir izstrādājis dažādas risinājumu fāzes sintēzes metodoloģijas, lai apmierinātu klientu prasības. Parasti tiek izmantota cietās fāzes Fmoc ķīmija.
Kā jūs piegādājat peptīdus? Kādi kvalitātes kontroles dati tiks sniegti?
RE: Visus peptīdus istabas temperatūrā piegādās DHL vai FedEx express kā liofilizētu pulveri atsevišķos labi marķētos flakonos. Izņemot neapstrādātus peptīdus, kurus pārbaudīs tikai ar MALDI-MASS spektrometriju, visiem sintētiskajiem attīrītajiem peptīdiem ir projekta ziņojums (CoA), MS dati un HPLC dati. tiks nodrošinātas datu lapas, kas satur galvenos raksturlielumus, piemēram, peptīdu secību, tīrību, daudzumu, modifikācijas, masas spektra datus un HPLC datus.
Kāds ir tipiskais peptīdu sintēzes aprites laiks? Cik ilgs laiks nepieciešams, lai man nosūtītu?
RE: Mūsu parastais apstrādes laiks ir 2-3 nedēļas standarta peptīdam, kas mazāks par 30 aminoskābēm. Apgrozīšanas laiks mainās atkarībā no peptīda garuma, daudzuma, šķīdības un grūtības pakāpes. Parasti 3-5 dienas, lai sasniegtu pētniekus citās valstīs.
Cik ilgi jūs varat sintezēt?
RE: Biorunstar ir liela pieredze garu peptīdu sintezēšanā, līdz 130aa. Atšķirībā no daudziem peptīdu piegādātājiem, kuriem ir ērti izgatavot peptīdus, kuru izmērs ir mazāks par 30 vai 40 aa, Biorunstar ir laba pieredze peptīdu ražošanā, sākot no 40 aa līdz 90 aa. Ir grūti sintezēt garus peptīdus, īpaši 100 aa vai garākus. Ja plānojat sintezēt 130 aa vai garāku secību, lūdzu, sazinieties ar mums, lai saņemtu pielāgotu olbaltumvielu ekspresijas un attīrīšanas pakalpojumu.
Ko darīt, ja sintēzes vai attīrīšanas procesā rodas problēmas?
RE: Katram peptīdam ir savas specifiskās īpašības. Ja sintēzes laikā rodas problēmas, kas pārsniedz mūsu cerības, un mēs nevaram piegādāt jūsu peptīdu laikā, mēs jūs informēsim, cik drīz vien iespējams. Gadījumā, ja mēs nevaram izgatavot peptīdu, jums netiks iekasētas nekādas izmaksas.
TFA sāls forma, acetāta vai HCl sāls forma: kuru formu izvēlēties?
Pēc noklusējuma peptīdi tiek sintezēti TFA sālī. Eksperimentos, kas saistīti ar šūnu vai audu kultūru, jāapsver iespēja iegūt peptīdus acetāta vai HCl sāls formā 98% vai vairāk, lai izvairītos no patoloģiskas reakcijas. Acetāta vai HCl sāls formu var pieprasīt par papildu samaksu.
Kāds ir peptīda glabāšanas laiks?
RE: Peptīdi ir stabili vismaz vienu gadu, ja tos uzglabā liofilizētus saldētavā. Ja peptīdi ir izšķīdināti, glabāšanas laiks var samazināties. Ja peptīdi satur vairākas reaktīvas aminoskābes, kuras var oksidēt, piemēram, Trp, Met, bet īpaši Cys, glabāšanas laiks var arī samazināties.
Peptīds satur vairākus cisteīnus un tāpēc var viegli veidot disulfīda saites. Kā no tā izvairīties?
RE: Ja peptīdu secība satur vairākus cisteīnus vai citas reaktīvas aminoskābes, kas viegli oksidējas, Biorunstar piedāvā piegādāt peptīdu ar spēcīgas reducējošās DTT pēdām. Peptīds tiek piegādāts kopā ar DTT tikai tad, ja to ir īpaši atļāvis klients.
Kā es varu uzglabāt savus sintētiskos peptīdus?
RE: Lielākā daļa liofilizēto peptīdu būs stabili istabas temperatūrā 2-3 nedēļas. Ilgstošai uzglabāšanai liofilizētie peptīdi jāuzglabā -20 pakāpē. Jāizvairās no atkārtotiem sasaldēšanas-atkausēšanas cikliem. Pirms atvēršanas ļaujiet sasilt līdz istabas temperatūrai. Peptīdu šķīdumu glabāšanas laiks ir ierobežots; pēc iespējas ātrāk jāizlieto peptīda šķīdums, kas reiz sagatavots.
Kāda ir neapstrādāta peptīda un atsāļotā peptīda tīrība? Kā jūs attīrāt peptīdu? Kādi ir piemaisījumi?
RE: īsiem peptīdiem ar normālām sekvencēm zem 15aa tas parasti ir 40-60% pēc HPLC neapstrādātai kvalitātei; 50-70% pēc HPLC atsālījumiem. Jo garāks peptīds, jo zemāka ir neapstrādāta vai atsālīta tīrība. Peptīdus parasti attīra ar HPLC, izmantojot ūdens un acetonitrila gradientu. Lielākā daļa piemaisījumu ir fragmenti vai delēcijas peptīdi, nepilnīgi deaizsargāti peptīdi un atlikušais sāls un ūdens.
Peptīdu tīrības skaidrojums, izmantojot HPLC, kopējo peptīdu saturu un mērķa peptīdu saturu.
RE: Biorunstar piegādā peptīdus atbilstoši liofilizētā pulvera bruto svaram. Liofilizētajā pulverī ir piemaisījumi, piemēram, fragmenti vai delēcijas peptīdi, nepilnīgi deaizsargāti peptīdi, TFA un atlikušais ūdens. Peptīdu tīrību mēra ar HPLC. Tas ir pareizā peptīda daudzums attiecībā pret visiem analītiem, kas absorbē pie ~214 nm (peptīdu saite absorbē), visticamāk, dzēšana, saīsināšana vai nepilnīgi noņemtas aizsardzības sekvences utt. Peptīdu tīrībā ar HPLC nav ņemts vērā ūdens un sāļi kas parasti ir paraugā. Kopējais peptīdu saturs ir kopējā peptīdu procentuālais daudzums attiecībā pret visu, kas atrodas liofilizētajā peptīdu pulverī. Kopējo peptīdu saturu nosaka ar slāpekļa satura analīzi. Tādējādi mērķa peptīdu saturu liofilizētajā peptīdu pulverī var secināt pēc formulas: kopējais peptīdu saturs x peptīdu tīrība pēc HPLC.
Kāda ir fluoresceīna marķēšanas metode?
RE: FITC (fluoresceīna izotiocianāts) ir aktivētais prekursors, ko izmanto fluoresceīna marķēšanai. Efektīvai N-termināla marķēšanai izmanto septiņu atomu aminoheksanoilu
starpliku (NH2-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2-COOH) ievieto starp fluoroforu (fluorosceīnu) un Peptīda N-gals. Šis starpliks palīdz atdalīt fluoroforu no tā piestiprināšanas vietas, potenciāli samazinot fluorofora mijiedarbību ar biomolekulu, ar kuru tas ir konjugēts, un padarot to pieejamāku sekundārajiem noteikšanas reaģentiem.
Vai ir iespējama biotīna (vai FITC) C-gala marķēšana?
RE: Jā. Biotīna (vai FITC) C-gala marķēšana tiek veikta, pievienojot lizīna atlikumu peptīda C-galā, un biotīns (vai FITC) tiek pievienots lizīna sānu ķēdei, izmantojot amīda saiti. Lizīna pozitīvais lādiņš tiek noņemts.
Kāds ir atbilstošais peptīda garums antivielu ražošanai?
RE: Parasti ir ieteicams 10-25 atlikuma peptīds. Garākam peptīdam varētu būt vairāk epitopu, taču tam varētu būt arī lielāka iespēja veidot stabilas sekundārās struktūras, kas nav vietējās formas. Īsāks peptīds (<10aa) is generally not good unless there are valid reasons for it, such as potential sequence homology with a related family member or other proteins.
Kas ir MAP?
RE: MAPS jeb Multi-Antigēnais peptīds ir sazarots peptīds, kurā lineārās peptīdu ķēdes ir savienotas to C-galā caur polilizīna kodolu, tādējādi palielinot visas molekulas izmēru. Tas tiek darīts, lai novērstu peptīdu saistību ar KLH. Tomēr šķiet, ka peptīdu konformācija uz MAP ir mazāk elastīga, un ar MAP iegūtās antivielas parasti atpazīst mērķa proteīnu retāk nekā ar parasto KLH konjugāciju. Turklāt, veidojot MAPS, netiek ražots brīvs peptīds, kas apgrūtina polilizīna kodolu vērstu antivielu noņemšanu. MAPS attīrīšana ar HPLC ir sarežģīta, un MAPS tiek nodrošināts bez masas pārbaudes tā neviendabīguma un lielā molekulārā izmēra dēļ.
Kāpēc mans KLH konjugētā peptīda šķīdums šķiet duļķains?
RE: KLH jeb Keyhole Limpet Hemocyanin ir liels agregējošs proteīns (MW=4x105 – 1x107). Tā izmēra un struktūras dēļ tā šķīdība ūdenī ir ierobežota, izraisot duļķainu izskatu. Tas neietekmē imunogenitāti, un duļķaino šķīdumu var izmantot imunizācijai.
Vai varat izskaidrot M + Na un M + K masas maksimumus MALDI spektros?
RE: MALDI spektrā ļoti bieži var redzēt Na (nātrija) un K (kālija) aduktus. Nātrijs un kālijs nāk no ūdens, ko izmanto peptīdu šķīdinātājos. Pat destilētā un dejonizētā ūdenī ir neliels daudzums nātrija un kālija jonu, kurus nekad nevar pilnībā noņemt. Tie kļūst jonizēti MALDI masas specifikācijas procesa laikā un saistās ar peptīda brīvajām karboksilgrupām. Tā kā nav ūdens attīrīšanas sistēmas, kas no ūdens noņemtu katru atsevišķu nātrija vai kālija jonu, nātrija un kālija adduktu parādīšanās reizēm ir ļoti izplatīta un neizbēgama MALDI masas specifikācijā. Tas neliecina, ka peptīds nav tīrs, kā arī to nevajadzētu sajaukt ar nepareizu molekulmasu.