Ir divas galvenās peptīdu bibliotēkas sintēzes metodes: monomēra metode un submonomēra metode.
Monomēru metode
Monomēru metode ir tradicionāla pieeja peptīdu bibliotēkas sintēzei. Izmantojot šo metodi, vispirms ir jāsintezē visi aizsargātie monomēri, un katra aizsargātā monomēra sintēzes process ir apgrūtinošs un laikietilpīgs.
Sekundārā monomēra metode
Sekundārā monomēra metode neprasa monomērus ar aizsargātām alfa aminogrupām. Šī metode sastāv no diviem posmiem: nukleofīlā aizstāšana, kam seko acilēšana. Submonomēra metode ļauj izmantot jebkuru komerciāli pieejamu vai sintētiski pieejamu amīnu ar lielu kombinatoriskās ķīmijas potenciālu.