Aizsarggrupu funkcija ir izolēt noteiktas funkcionālās grupas sintēzes procesa laikā, pasargājot tās no traucējumiem, un tikai pēc specifisku reakciju pabeigšanas noņemt aizsarggrupas, lai atjaunotu mērķa molekulas aktivitāti. Aizsarggrupu noņemšanas process parasti prasa vieglus apstākļus, lai nesabojātu mērķa molekulu. Piemēram, ROH atdalīšanas metode no aizsargātajiem spirtiem parasti ir ēteru (ROR') vai esteru (ROCOR) ražošana un pēc tam to hidrolizācija vai paskābināšana atbilstošos apstākļos.
Rezumējot, aizsarggrupu loma PNS sintēzē ir izšķiroša, jo tā nodrošina efektīvu kompleksu molekulu sintēzi, izvairās no nemērķtiecīgām reakcijām, un to var selektīvi noņemt, ja nepieciešams, lai iegūtu attīrītus PNS produktus.