Pielāgotajai peptīdu sintēzei ir plašs pielietojumu klāsts dažādās jomās, tostarp:
1. Bioķīmiskie un bioloģiskie pētījumi: sintētiskie peptīdi var kalpot kā svarīgi instrumenti bioķīmiskos un bioloģiskos eksperimentos, lai pētītu proteīnu funkciju, šūnu signālu pārraidi un citus.
2. Farmakoloģija un molekulārā medicīna: pielāgotus peptīdus var izmantot zāļu izstrādei, kā potenciālus zāļu kandidātus vai slimību modeļu sagatavošanai.
3. Biotehnoloģija: biotehnoloģijas nozarē pielāgotus peptīdus parasti izmanto augstas caurlaidības skrīningam, šūnu kultūras barotņu sagatavošanai un bioloģiskās analīzes reaģentu izstrādei.